בעפולה מכון טיהור שפכים המופעל ובאחריות תאגיד המים מי נע, שקולט את כל השפכים מהעיר.
המחלקה לאיכות הסביבה מבצעת ביקורות ודורשת מבעלי עסקים להתקין מתקנים המפרידים בין השפכים הסניטריים לשפכי תעשייה ולדאוג לשאוב את הבוצה לאתרים מאושרים. במכון הטיהור מבצעים תהליך טיהור למי קולחין בכדי לנצלם להשקיה.